Jak wybrać badanie WES?

Jedno badanie WES nie jest tożsame z innym badaniem WES. Nie ma ustalonych standardów projektowania i przeprowadzania tego badania. Nie ma żadnych aktów prawnych, które regulowałyby ten typ badań. Każde z badań WES może być zaprojektowane i przeprowadzone inaczej, co wpływa na wyniki, a one wpływają na poprawne zdiagnozowanie choroby i wdrożenie skutecznego leczenia. Przed badaniem warto zebrać najpotrzebniejsze informacje, aby podjąć prawidłową decyzję. Bez tego możemy zdecydować się na przysłowiowego kota w worku. Pamiętajmy, że najważniejszą kwestią jest zdiagnozowanie podłoża przyczyn zdrowotnych, a cena, informacje profilaktyczne oraz predyspozycje genetyczne pacjenta to kwestie drugorzędne.

1. Jakie rodzaje zmian w genach sprawdza badanie WES?
2. Badanie WES- certyfikaty i akredytacje laboratorium
3. Średnia głębokość pokrycia
4. Jakie informacje zostają zaraportowane w wyniku badania WES?
5. Informacje o predyspozycjach genetycznych
6. Badanie WES- bazy danych użyte do analizy

Jakie rodzaje zmian w genach sprawdza badanie WES?

Jest to najważniejsze pytanie, które należy sobie postawić, ponieważ od tego w największym stopniu zależy postawienie poprawnej diagnozy i wprowadzenie skutecznego leczenia.  Klasyczne badanie WES analizuje mutacje punktowe w wybranych częściach naszych genów- eksonach. Są to części genów, które odpowiadają za kodowanie białek. Jednak zmian, które można przeanalizować, jest znacznie więcej. Rozszerzenie standardowego badania WES zmniejsza ryzyko postawienia nieprawidłowej diagnozy.

Badanie WES PREMIUM może również sprawdzić zmiany intronowe. Ta analiza zwiększa szanse na prawidłowe zdiagnozowanie aż o 11%. Introny to części naszych genów, które nie zostały jeszcze do końca poznane. Z biegiem czasu poznane zostają kolejne informacje o nich. Najbardziej nowoczesne z badań WES są w stanie poddać analizie zmiany głębokointronowe, które są istotne dla zdrowia pacjenta. Aktualnie da się już określić sposób działania 22 000 intronów. Dzięki temu można ustalić, czy ich zmiany mogą prowadzić do choroby wrodzonej, a mogą one być przyczyną aż 11% takich chorób.

Badania WES mogą analizować także zmiany liczby kopii (CNV- mikrodelecje i mikroduplikacje), które polegają na ubytku małych fragmentów DNA. Mogą one także być przyczyną wielu ciężkich schorzeń np. intelektualnych i neurologicznych.

Zmiany w DNA mitochondrialnym (mtDNA) również są sprawdzane przez testy WES. Nasze DNA jest umiejscowione w jądrach komórek, które znajdują się w całym organizmie. To od DNA zależy wiele aspektów zdrowotnych. Drugi rodzaj DNA znajduje się w mitochondriach, które są również częścią składową komórek. Ich zadaniem jest magazynowanie energii. Zbadanie DNA mitochondrialnego jest ważne, ponieważ może wykryć choroby mitochondrialne, zaburzenia w układzie mięśniowym oraz nerwowym. Przykładem choroby, która może zostać wykryta jest padaczka.

Badanie WES- certyfikaty i akredytacje laboratorium

Certyfikaty, które posiada laboratorium, są bardzo ważne, ponieważ świadczą one o wiarygodności wyników badań. I to ma znacznie podczas odpowiadania na pytanie jak wybrać badanie WES. W Polsce nie ma jednak przepisów prawnych, w których byłoby zapisane kto i w jaki sposób może wykonywać badania genetyczne. Może to prowadzić do wykonywania takich badań przez niedoświadczone instytucje. Laboratorium, w którym chcemy wykonać badanie, możemy sprawdzić jedynie poprzez posiadane certyfikaty oraz akredytacje. Są one pewnego rodzaju gwarancją, że konkretna instytucja spełnia restrykcyjne normy i standardy diagnostyczne.

Przykładem instytucji, która zajmuje się wydawaniem takich certyfikatów, jest Europejska Agencja Kontroli Jakości Badań Genetycznych (EMQN). Celem EMQN jest stworzenie jednolitych standardów i dobrych praktyk, które dotyczą badań genetycznych.  Dla każdego typu badań można zdobyć osobny certyfikat. Aby zdobyć certyfikat tej instytucji należy przeprowadzać badania w sposób, który zapewni ich powtarzalność oraz wiarygodność. Inne instytucje przyznające certyfikaty to np. Polskie Towarzystwo Genetyki Człowieka oraz INSTAND.

Średnia głębokość pokrycia

W trakcie odczytywania budowy genów pacjenta, laborant trafia na różne regiony badanego materiału. Niektóre z nich analizuje się łatwo, a inne trudniej. Aby więc mieć pewność, że konkretna zmiana występuje u pacjenta, należy przeanalizować ją więcej niż jeden raz. Daje to gwarancję, że zmiana ta nie wynika z błędu maszyny. Jeśli odczyt nie zostanie powtórzony to istnieje ryzyko przeoczenia zmiany. Ponowna analiza nazywa się właśnie głębokością pokrycia.

Najlepsze badania WES osiąga średnie pokrycie na poziomie 100x, co oznacza, że materiał genetyczny jest odczytywany średnio 100 razy. Jest to wartość minimalna. Należy pamiętać, że im wartość średniego pokrycia jest większa, tym większe są szanse na postawienie prawidłowej diagnozy.

Jakie informacje zostają zaraportowane w wyniku badania WES?

Każde laboratorium w raporcie z badania może umieszczać inne informacje. W raporcie muszą znaleźć się informacje na temat zmian, które najprawdopodobniej są przyczyną objawów pacjenta. Często pojawiają się tam również informacje o zmianach, które nie są związane z objawami, ale można je leczyć lub zastosować działania profilaktyczne, które umożliwią zahamowanie choroby.

W raporcie nie pojawiają się informacje na temat wszystkich zmian w genach, ponieważ:

• każdy człowiek ma setki zmian w genach, które są łagodne i nie prowadzą do rozwoju choroby
• informacje o niegroźnych mutacjach w genach mogą być nieprawidłowo zinterpretowane, co może wywołać panikę u pacjenta
• informacja o ryzyku nieuleczalnej choroby może bardzo obciążyć pacjenta psychicznie, nawet jeśli choroba nigdy się nie rozwinie

Badanie WES może również nie zaraportować żadnych istotnych zmian. Oznacza to, że przyczyny objawów nie zostały wykryte, ale tysiące chorób zostało wykluczonych. Dalsze poszukiwania mają więc znacznie zawężony zakres.

Informacje o predyspozycjach genetycznych

Predyspozycje genetyczne mogą wpływać na stan naszego zdrowia, ale tylko w pewnym stopniu. Budowa danego genu może wpływać na nasze zdrowie, ale wcale nie musi. Może się okazać, że jego działanie jest uwarunkowane np. od innego genu lub mechanizmu, którego funkcjonowanie nie zostało jeszcze dobrze poznane. Predyspozycje genetycznie nie powinny więc być główną przyczyną zdecydowania się na wykonanie badania WES.

Badanie WES- bazy danych użyte do analizy

Bazy danych to zbiory o mutacjach, które zostały do tej pory wykryte. Zbiera się w nich informacje z ośrodków naukowych oraz badawczych z całego świata. Opisane są w nich różne aspekty, które są związane z konkretną zmianą w genach. Bazy danych, które są używane przez laboratorium, mogą wpłynąć na diagnozę pacjenta. Jeśli laboratorium używa jedynie bezpłatnych baz i nie tworzy stale aktualizowanej własnej bazy, to raport może nie wskazać wszystkich ważnych informacji. Im większy dostęp do informacji posiada laboratorium, tym większa jest szansa na prawidłowe zdiagnozowanie pacjenta. Wybór odpowiednich baz danych wpływa na to, że nie każde badanie WES, może wykryć wszystkie mutacje w genach. Najbardziej godne zaufania są laboratoria, które tworzą własną bazę danych oraz korzystają z płatnych baz np. HGMD. Korzystanie z baz bezpłatnych (np. ClinVar, DECIPHER) oczywiście nie jest niczym złym, ale zwiększa ryzyko pominięcia istotnych informacji

Zobacz też:

Badania genetyczne noworodka

Autyzm – badania metaboliczne

Diagnoza autyzmu